اهداف پژوهشکده:

1. توسعه دانش و فناوری‌های نوین دارویی
2. ارتقای کیفیت پژوهش‌های کاربردی در حوزه سلامت
3. تربیت و توانمندسازی پژوهشگران و دانشجویان
4. پاسخگویی به نیازهای دارویی جامعه و نظام سلامت
5. گسترش همکاری‌های علمی، صنعتی و بین‌المللی
6. تجاری‌سازی دستاوردهای پژوهشی و حمایت از نوآوری

حوزه های فعالیت:

1.  طراحی اشکال دارویی جدید
2. فناوری‌های نوین دارورسانی و نانوداروها
3. گیاهان دارویی و فرآورده‌های طبیعی
4. زیست‌فناوری و داروهای بیولوژیک
5. فارماکولوژی و سم‌شناسی
6. شیمی دارویی و آنالیز دارویی
7. فارماکوژنومیک بررسی نقش ژنوم در پاسخ داروها 
8. ارزیابی ایمنی، اثربخشی و اقتصاد دارو